In het onderzoek staat functioneren van het Nederlands Verloskundig Systeem centraal. Doel is het vinden van verklaringen voor de hoge perinatale sterfte in Nederland en het ontwikkelen van zorginnovaties. Ze was actief betrokken bij de opzet en evaluatie van het eerstelijns Geboortecentrum Sophia, dat zich voornamelijk richt op risicogeleide zorg en verbeterde ketenzorg, met speciale aandacht voor mensen uit de achterstandswijken en etnische minderheden. Vrouwen die hun bevalling in het eerstelijns geboortecentrum planden, bleken een hoger risicoprofiel te hebben dan vrouwen die hun bevalling thuis of poliklinisch planden. In de periode na de opening van het geboortecentrum werd een daling gezien van ongunstige kind- en moederuitkomsten, waarschijnlijk als gevolg van betere risicoselectie voor de plaats van bevalling. Het aantal medische interventies bleef gelijk.

Verbetering van de risicoselectie is volgens Van der Kooy een belangrijk punt. Daarom werd de Rotterdam Reproductive Risk Reduction (R4U) ontwikkeld, een diagnostisch instrument dat zowel medische- als niet-medische factoren gebruikt. De R4U bleek in staat om eerder gemist Small for Gestational Age op te sporen. De ervaring van cliënten met de geboden zorg onderzocht Van Der Kooij aan de hand van de algemene ‘healthcare responsiveness’ methode van de WHO. Ze vertaalde deze naar de ReproQ enquête, om heel gericht de ervaringen te kunnen vergelijken van vrouwen gedurende de perinatale zorg. Dee vragenlijst bestaat uit acht domeinen: respect, autonomie, privacy, communicatie, tijd tot zorg, kwaliteit faciliteit, sociale steun, en keuze en continuïteit van de zorgverlener.  De respondenten meer tevreden over de intermenselijke aspecten van de zorg,  dan over de logistiek en de wachttijden.

Daarnaast onderzocht Van der Kooy het gebruik van lachgas in het Geboortecentrum Sophia. Met name multipara vrouwen kregen lachgas analgesie in plaats van pethidine en/of epiduraal (5%). De vrouwen die lachgas kregen, lieten een daling zien in gespannenheid, angst en pijnscores. Er vond wel een toename van pijnstilling verzoeken plaats (8%) ten opzichte van voorgaande jaren.